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成立於民國108年4月24日，座落於高雄。國家海洋研究院的主要任務為協助海洋委員會辦理海洋政策規劃、海洋資源調查、海洋科學研究、海洋產業及人力培育發展業務，定位為國家海洋智庫。

國家海洋研究院職掌：
一、海洋政策之研究。
二、海洋研究與發展計畫之研擬及執行。
三、海洋研究與發展成果及技術之推廣。
四、海洋研究與發展之資訊蒐集、人才培育引進及國際合作。
五、海洋保育與海巡執法人員之教育、訓練、認證及管理。
六、其他有關海洋政策、研究及人力發展事項。