本會置主任委員1人、副主任委員3人、主任秘書1人，內部單位為綜合規劃處、海洋資源處、海域安全處、科技文教處、國際發展處、秘書室、人事處、政風處、主計處及資訊室。所屬機關(構)為海巡署、海洋保育署，國家海洋研究院。