為輔導地方政府，共同維護海洋環境與生態，本計畫根據三大願景目標「潔淨海水(Clean Water)」、「健康棲地(Health Habitat)」、「永續資源(Sustainable Resource)」，為海洋生物留下健康棲地，世代享有永續資源，所需經費10億餘元。

本會於107年4月28日於高雄市成立，選擇在擁有我國最主要的商港、漁港的高雄市設址，以展現政府落實海洋政策的決心，執行本計畫將是落實政策重要的一步，硬體建設完成後，更可加強社會一般大眾對於本會在地發展的信心，所需經費11億餘元。

本會海巡署為因應不可預期天然災害或人為攻擊，採取積極預防作為，爰規劃建立電磁脈衝防護(含優化接地設施、濾波/突波保護設施及屏蔽設施)，以確保重要設施安全，所需經費1億餘元。