為輔導地方政府，共同維護海洋環境與生態，本計畫根據三大願景目標「潔淨海水(Clean Water)」、「健康棲地(Health Habitat)」、「永續資源(Sustainable Resource)」，為海洋生物留下健康棲地，世代享有永續資源，所需經費10億餘元。