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民國107年4月28日中華民國嶄新的中央級部會「海洋委員會」及所屬三級機關「海洋保育署」在高雄誕生，感謝眾人給予諸多祝福與期待，海洋保育署將以「客觀且持續性的科學基礎」、「資訊公開」、「與公私部門合作」三項基本原則，檢視臺灣海洋環境與生物的變化，利用科技與群眾參與，建立海洋保育與國人的連結。

海洋保育署以CHS 「潔淨海水(Clean Water)」、「健康棲地(Health Habitat)」、「永續資源(Sustainable Resource)」為目標，規劃並循序執行各項解決方案，希望為臺灣的世世代代留下潔淨海水及永續資源，為海洋生物留下健康的棲地。

海洋保育署職掌：
一、海洋生態環境保護之規劃、協調及執行。
二、海洋生物多樣性保育與復育之規劃、協調及執行。
三、海洋保護區域之整合規劃、協調及執行。
四、海洋非漁業資源保育、管理之規劃、協調及執行。
五、海洋污染防治之整合規劃、協調及執行。
六、海岸與海域管理之規劃、協調及配合。
七、海洋保育教育推廣與資訊之規劃、協調及執行。
八、其他海洋保育事項。